Среди заболеваний кишечника у детей преобладают функциональные расстройства толстой кишки, составляющие от 30 до 70 % в структуре гастроэнтерологческой патологии (дискинезии, синдром раздраженного кишечника). Воспалительные заболевания кишечника в детском возрасте встречаются реже (в основном это неспецифический язвенный колит). Болезни тонкой кишки в подавляющем большинстве случаев проявляются нарушением кишечного всасывания. Синдром мальабсорбции может быть наследственно обусловленным (первичные формы). Вторичная мальабсорбция является результатом повреждения кишечного эпителия вследствие различных заболеваний (инфекции, паразитозы, пищевая аллергия, опухоли, пороки ЖКТ) и может иметь внекишечное происхождение (заболевания поджелудочной железы, печени, иммунодефицитные состояния, эндокринные заболевания). На заболевания кишечника непосредственное влияние оказывает курение.
У детей первых месяцев жизни чаще выявляется лактазная недостаточность, а в более старшем возрасте — непереносимость глютена (целиакия), муковисцидоз.