Вторым из двух основных путей выведения препаратов и метаболитов из организма является их выведение с желчью, в которую они поступают из печени пассивно или же посредством активных транспортных систем. Затем, медицинские препараты и (или) их продукты обмена выводятся через кишечник. С желчью осуществляется экскреция полярных соединений, чья молекулярная масса более 300, при этом скорость выведения прямо пропорциональна потоку желчи, а также отношению концентраций фармакологического препарата в крови и желчи.
Благодаря действию ферментов пищеварительной системы, а также естественной бактериальной микрофлоры препараты могут трансформироваться в другие соединения, которые, в свою очередь, способны реаб-сорбироваться и снова поступать в печень, где проходят новый цикл метаболических изменений. Данный цикл получил название «энтерогепатической циркуляции». Процесс выведения соединений из организма с желчью зависит от их молекулярной массы, химической природы, состояния клеток печени и желчевыводящих путей, так же степени интенсивности связывания препарата с гепатоцитами. Вместе с желчью частично выводятся антибиотики пенициллинового ряда и цефалоспорины, что обязательно следует учитывать при их назначении для лечения заболеваний печени и желчных путей.
Данные препараты могут повторно всасываться, а затем вновь выделяться в кишечник. Этот процесс получил название кишечно-печеночной циркуляции или печеночной рециркуляции.
Антибиотики указанных групп рекомендуется применять при терапии холецистита и холангита.
Газообразные, а также многие летучие вещества, имеющие малую молекулярную массу (в частности средства, которые применяются для ингаляционного наркоза), выводятся, главным образом, через легкие.
Некоторые соединения выводятся слюнными железами (например, йодиды), потовыми железами (препарат для лечения проказы дитофал), желудочными железами (никотин, хинин), железами кишечника, а препарат I рифампицин — через слезные железы.